Program Studi Magister PMI UIN Sunan Kalijaga menawarkan kajian teoritis dan best-practice untuk perubahan dalam tata kelola masyarakat (change makers) dan inovasi atau alternatif pembangunan yang berfokus pada keberdayaan masyarakat. Program Studi Magister PMI juga mengembangkan isu-isu yang berhubungan dengan Studi Pembangunan (Developmental Studies) yang dikuatkan dengan kajian keislaman. Kondisi keberdayaan dan keberlanjutan masyarakat dipengaruhi oleh banyak variabel dalam kebijakan pembangunan pada sektor ekonomi, pendidikan, kesehatan, hukum, politik, agama, dan sebaginya—telah mendorong pengelola Program Studi Magister PMI untuk berpartisipasi dalam menyelesaikan isu-isu tersebut. Untuk itu, Program Studi ini hadir untuk menjembatani beragam isu sosial dengan alternatif pembangunan.

Program Studi Magister PMI UIN Sunan Kalijaga mempunyai kelebihan tambahan karena posisinya berada di Yogyakarta—dikenal sebagai kota pelajar, kota kebudayaan, serambi Madinah, kota wisata, dan kota toleran. Identitas tersebut memberi keuntungan dan kemudahan bagi mahasiswa untuk terlibat aktif berpartisipasi menyelesaikan beragam persoalan sosial. Mahasiswa dapat berpartisipasi dalam penelitian dan praktik penyelesaian masalah sosial di tengah kemajemukan atau pluralitas baik bidang akademik, kebudayaan, wisata, dan relasi kemasyarakatan. Banyaknya universitas di Yogyakarta juga meniscayakan adanya kegiatan akademik yang kontinyu dan beragam yang sebagian besar terbuka untuk mahasiswa pascasarjana. Suatu pengalaman akademik dan kebudayaan yang tidak akan didapatkan mahasiswa di tempat lain.