Lulusan Program Magister PMI, UIN Sunan Kalijaga, akan mempunyai keunikan kajian yang membuat unggul dan memiliki nilai tambah karena mengembangkan pengetahuan inovasi atau alternatif pembangunan dan kemampuan kerja untuk menjadi change maker yang memadukan integrasi dan interkoneksi antara religious science dan keilmuan pengembangan masyarakat. Keunggulan ini dapat melahirkan tiga profil lulusan Prodi Magister PMI, UIN Sunan Kalijaga.