Mata kuliah di semester pertama mata kuliah lebih menekankan pada mata kuliah yang sifatnya pengantar, sementara mata kuliah semester ke dua berisi teori yang dapat digunakan mahasiswa sebagai bekal di lapangan untuk riset di semester selanjutnya. Setiap mata kuliah diampu oleh dosen yang sesuai dengan kompetensi, dilihat berdasarkan latar belakang keilmuan. Jumlah SKS minimum untuk lulus ditetapkan berdasarkan syarat minimal peraturan Menteri Ristek dan Dikti No. 44 tahun 2015 yang menetapkan jumlah beban minimum yang ditempuh adalah 36. Sementara, beban untuk lulus pada program magister Pengembangan Masyarakat Islam adalah 36 SKS.

 Daftar mata kuliah berdasarkan urutan mata kuliah (MK) per semester: