Pembukaan Program Studi Magister PMI Fakultas Dakwah dan Komunikasi UIN Sunan Kalijaga merupakan keberlanjutan dari program studi tingkat sarjana. Prodi PMI telah berdiri sejak tahun 1998 dengan SK Nomor 55 a Tahun 1998 dan mulai beroperasi pada tanggal 18 November 1998 (Keputusan Dirjen Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor: E/369/1998). Pengelolaan Program Studi S1 PMI telah mengalami dinamika perubahan kurikulum untuk merespon beragam isu kontemporer dalam diskursus disiplin ilmu pengembangan dan pemberdayaan masyarakat agar tetap relevan. Isu pemberdayaan masyarakat sebagai bagian penting dari kekuatan masyarakat sipil tidak hanya di Indonesia pasca reformasi tetapi juga di belahan dunia lain yang menginginkan kehidupan bersama yang berkelanjutan.

Lahirnya program magister Pengembangan masyarakat islam sebagai respon terhadap perkembangan zaman, menawarkan kajian teoritis dan best-practice untuk perubahan dalam tata kelola masyarakat (change makers) dan inovasi atau alternatif pembangunan yang berfokus pada keberdayaan masyarakat. Untuk itu, Program Studi ini mengembangkan isu-isu yang berhubungan dengan Studi Pembangunan (Development Studies) yang dikuatkan dengan kajian keislaman. Program Studi Magister PMI mempunyai keunikan dengan program studi sejenis baik dalam negeri maupun luar negeri. Magister PMI menawarkan fokus kajian untuk menciptakan intervensi sosial untuk perubahan berbasis integrasi dan interkoneksi antara religious science dan keilmuan pengembangan masyarakat. Program Magister PMI UIN Sunan Kalijaga fokus pada pengembangan keilmuan dalam kajian inovasi pembangunan dengan mengembangkan metode riset aksi untuk menjadi change maker yang berkelanjutan.